行政合同案件与普通的行政案件不同，不论签订合同引起的纠纷，还是合同履行过程中产生的纠纷，行政合同双方当事人的权利义务都包含两个方面的内容，第一是双方当事人约定的权利义务，第二是法律法规规定的权利义务。各方当事人法律责任的承担，既要以法律法规为依据，也要以双方约定的内容为依据。因此，行政合同的内容将包含两个方面的内容，即合法性和合理性。人民法院在审查行政合同案件时，既要审查行政合同的签订、行政合同的内容、行政权利的行使是否合法，也要审查行政合同内容、履行方式等是否合理。
1、审查合同的内容是否合法、公平合理
行政合同的条款不能与法律、法规的禁止性规定相抵触，不得违反法律规范的明确规定，合同的内容应当公平合理。
2、审查行政主体单方行为的事实和法律依据
行政主体采取单方行为必须要有事实根据和法律依据，没有事实根据和法律依据的单方行为属于事实不清、主要证据不足、适用法律错误的行政行为。
3、审查行政主体和相对方是否严格履约，是否约定违约责任，当事人的行为是否符合承担违约责任的条件，应当承担何种违约责任等。
4、审查签订行政合同的主体是否合法
行政主体是订立合同的发动者，行政主体签订行政合同必须是与其依法享有的行政职权密切相关的合同，行政主体越权签订的行政合同是无效的行政合同。如果法律法规明确规定采用行政合同这种特定行政行为的话，行政主体不能任意改变，以强制代替协商，也不能强制无履行合同能力或条件的对方当事人签订行政合同。同时，行政主体必须严格依法行使职权，不能凭借自己的优越地位将某些法律未赋予的权利通过合同的方式使自己额外获有。合同的订立和履行必须严格按照法律法规规定的权限，不得擅自违反，否则所订立的合同无效。
5、审查行政相对方是否符合缔约的条件
如果行政相对方不符合法定条件，行政合同将无效。如行政处罚主体将其自身的行政处罚权委托他人行使，根据行政处罚法的规定，该被委托人必须是依法成立的管理公共事务的事业组织。
6、审查行政主体行使优益权是否合法
优益权是行政主体作为合同的管理方为实现行政公务的目的而享有的特权，由于法律法规对这些权力的行使缺乏具体明确的规定，又没有规定对这些权力行使的监督责任，导致行政主体在合同的履行中利用自己的特权干涉对方当事人的合法经营自主权或违法要求相对方履行义务， 损害相对方的合法权益，这些特权的行使已超出了保障合同如约履行的限制。
7、审查订立合同的程序和形式是否合法
行政程序的公正与合法，直接关系到实体内容的合法与正确。司法审查行政合同，亦应注重对合同的缔结程序、方式和形式进行审查。如审查行政主体缔结合同时有无营私舞弊行为；是否采用公开的招标、邀请发价、直接磋商等订立合同的方式；尤其对采用直接磋商订立合同的，审查有无监督部门和有关机关参加；审查经法定职能部门审批的各种手续和程序是否完备与合法，对于有限自然资源的利用等行政合同，行政主体应当采取向社会公开拍卖的方式进行，行政主体一般不得采取暗箱操作的方式自行决定签约主体。
对于涉及行政支出的行政合同，行政主体应当采取公开招标的方式选择签约人，其他行政合同行政主体也应当尽可能地引入竞争机制，优先最合适的签约人。行政合同的缔结是行政目标实现的特定形式与途径，是产生权利义务后果的法律行为，应该一律采用书面形式，或主要是严格的书面形式。
